El Instituto de Investigaciones Históricas edita las revistas Estudios de Cultura Náhuatl (1959), Estudios de Historia Moderna y Contemporánea (1965) y Estudios de Historia Novohispana (1966) que son referentes obligados en sus respectivos campos de estudio y cuyas colecciones se encuentran disponibles en acceso abierto en sus portales correspondientes. Anteriormente publicó el Boletín Históricas (1979-2014), así como los primeros números de las revistas Tlalocan (1949), Anales de Antropología (1963) y Meyibó (1977).